Komisja została powołana do życia 20 V 2003, jako ciało wspólne PAU i Oddziału PAN w Krakowie. Obok członków PAU i krakowskich członków PAN, łączyła ona przedstawicieli świata nauki i kultury, szczególnie zaangażowanych w problemy rozwoju dzisiejszego Krakowa. Jej powstanie było odpowiedzią na widoczne i pogłębiające się w ostatnich latach dysproporcje między potencjałem intelektualnym i naukowym miasta a jakością podejmowanych przez władze decyzji. Z tego wynikło zadanie szukania płaszczyzny współpracy z władzami miasta w zakresie nauki i środowiska naukowego, kultury i ochrony dziedzictwa kulturowego, ochrony środowiska przyrodniczego oraz rozwoju przestrzennego miasta i estetyki jego krajobrazu. Komisja odbyła kilka otwartych posiedzeń dyskusyjnych, ostatnie w 2012 roku .Po nieudanych próbach wznowienia działalności podjętych w 2014 roku zaprzestała działalności.