Nagroda Polskiej Akademii Umiejętności im. Erazma i Anny Jerzmanowskich
Nagroda im. Erazma i Anny Jerzmanowskich, ustanowiona mocą testamentu Erazma Jerzmanowskiego w 1908 r., po raz pierwszy wręczona przez AU w 1915 r., po raz ostatni przed wojną w 1938 r. Uchodziła za „polskiego Nobla”. Wskutek drugiej wojny światowej wielki kapitał, z którego była wypłacana, przestał istnieć. Po wojnie nie został odtworzony. Dopiero w 2008 r., w stulecie utworzenia funduszu nagrody, dzięki życzliwości władz Województwa Małopolskiego, w szczególności Marszałka Marka Nawary, udało się ją restytuować. Po raz pierwszy po wojnie wręczono ją 9 II 2009, niemal dokładnie w stulecie śmierci Erazma Jerzmanowskiego (7 II 1909). Od 2022 r. partnerem Nagrody jest Miasto Kraków.
Nagroda wręczana jest laureatom w Sali Senatorskiej Zamku Królewskiego na Wawelu i uchodzi za bardzo prestiżową.
Nagroda naukowa imienia Mikołaja Kopernika
Z okazji przypadającej w 1873 r. czterechsetnej rocznicy urodzin Mikołaja Kopernika Gmina miasta Krakowa ustanowiła fundację jego imienia i powierzyła Akademii Umiejętności przyznawanie ze środków tej fundacji w okresach pięcioletnich nagrody za prace naukowe z zakresu astronomii i nauk z nią spowinowaconych, czyli astrofizyki, geodezji, geografii fizycznej, magnetyzmu ziemskiego i meteorologii. Przyznawanie tych nagród przerwała II wojna światowa.
Pragnąc kontynuować tę tradycję Rada Miasta Krakowa w pięćsetlecie studiów Mikołaja Kopernika w Krakowie uchwałą nr XC/581/93 z dnia 9 lipca 1993 r., zmienioną uchwałą nr XXIX/274/95 z dnia 6 września 1995 r. i uchwałą nr XXXVII/971/20 z dnia 11 marca 2020 r., ustanowiła Nagrodę imienia Mikołaja Kopernika w dziedzinie astronomii i innych nauk uprawianych przez Mikołaja Kopernika i powierzyła Polskiej Akademii Umiejętności przyznawanie tej nagrody co pięć lat począwszy od 1995 r. Nagroda przyznawana jest w dziewięciu równorzędnych kategoriach uczonym związanym z nauką polską, którzy w pięcioleciu poprzedzającym rok przyznania nagrody ogłosili wyróżniające się szczególnie wysoką wartością naukową prace z dziedziny: (1) astronomii, (2) ekonomii, (3) filologii klasycznej, (4) filozofii przyrody, (5) kosmologii i astrofizyki, (6) matematyki, (7) medycyny, (8) nauk o Ziemi, (9) prawa.
Nagroda im. Profesora Mariana Mięsowicza
Nagroda im. Profesora Mariana Mięsowicza przyznawana jest co dwa lata za wybitne osiągnięcia w dziedzinie fizyki, przez Radę PAU, na wniosek Wydziału III PAU. Fundatorami nagrody są działające w Krakowie instytuty fizyki. Po raz pierwszy przyznano ją w 1997 r.
Nagroda im. Profesora Tadeusza Browicza
Nagroda im. Profesora Tadeusza Browicza przyznawana jest corocznie, począwszy od 1998 r., za wybitne osiągnięcia w dziedzinie medycyny. Przyznaje ją Rada PAU na wniosek Wydziału V PAU. Fundatorami nagrody były dotąd: Zakłady Farmaceutyczne Pliva SA Kraków, Novartis Poland, Szkoła Medyczna dla Obcokrajowców przy Collegium Medicum UJ, Instytut Farmakologii im. Jerzego Maja PAN, PAU oraz samo Collegium Medicum UJ.
Nagroda im. Profesora Adama Bielańskiego
Nagroda im. Profesora Adama Bielańskiego przyznawana jest co dwa lata przez Radę PAU za wybitne osiągnięcie w dziedzinie chemii. Fundatorami nagrody są: Uniwersytet Jagielloński, Akademia Górniczo-Hutnicza im. Stanisława Staszica oraz Instytut Katalizy i Fizykochemii Powierzchni im. Jerzego Habera Polskiej Akademii Nauk w Krakowie. Wnioski są zgłaszane przez Wydział III PAU oraz Rektorów UJ, AGH i Dyrektora IKiFP PAN.
Po raz pierwszy przyznano ją w 2018 r.
Nagroda im. Profesora Emanuela Rostworowskiego
Celem Nagrody im. Profesora Emanuela Rostworowskiego jest uhonorowanie wybitnych osiągnięć w zakresie biografistyki (w tym również jej teorii), jak i badań nad historią XVIII i XIX wieku. Przyznawana jest dorocznie, począwszy od 2024 r., przez Radę Polskiej Akademii Umiejętności, na wniosek Komitetu Nagrody.
Nagroda im. Mariana Kukiela
W 2003 r. została po raz pierwszy przyznana Nagroda im. Mariana Kukiela w dziedzinie historii wojskowości, współfundowana przez spadkobiercę praw autorskich gen. Mariana Kukiela – śp. prof. Leszka Suskiego – i PAU. Odtąd nie była wręczana.
Wyróżnienia podręczników szkolnych
Na wniosek naszej Komisji do Oceny Podręczników Szkolnych, PAU wyróżnia corocznie dyplomami autorów i wydawców najwyżej ocenionych podręczników gimnazjalnych i licealnych.
Uczestnictwo PAU w przyznawaniu innych nagród
PAU czynnie uczestniczy w przyznawaniu następujących nagród:
1. Nagrody Miasta Krakowa; przewodniczącym jury jest prezes PAU, a każdego roku zasiada w tym gremium kilku członków PAU.
2. Nagrody im. Jana Długosza Krakowskich Targów Książki; siedmioosobowemu jury przewodniczy członek PAU Władysław Stróżewski,
a nadto uczestniczy w nim czterech członków PAU.
3. Nagrody Towarzystwa Ubezpieczeniowego Allianz; w jury uczestniczy dwóch członków PAU, w tym jej sekretarz generalny.