Komisje międzywydziałowe o charakterze interdyscyplinarnym
Komisje mają charakter międzywydziałowy, co oznacza, że interdyscyplinarna tematyka ich zainteresowania wykracza poza profil naukowy poszczególnych Wydziałów. Podlegają one bezpośrednio Radzie PAU. Są to Komisje: Zagrożeń Cywilizacyjnych, Historii Nauki, do Oceny Podręczników Szkolnych, Spraw Europejskich, Filozofii Nauk, do Badań Diaspory Polskiej, Antropologiczna, Ergonomii, Zarządzania Kulturą i Mediami, oraz Polska Grupa CIHEC (Commission Internationale d’Histoire Ecclésiastique Comparée).