W dniu dzisiejszym działalność naukowa PAU skupia się głównie w komisjach. Działa 25 komisji przedmiotowych, usytuowanych przy różnych Wydziałach oraz międzywydziałowe, które publikują swoje rozprawy. Rezultatem jest poważna działalność wydawnicza: kilkadziesiąt tomów rocznie.

PAU dysponuje też ważnymi elementami warsztatu naukowego dla humanistyki. Biblioteka, kompletowana niemal od dwustu lat, zawiera wiele znakomitych materiałów historycznych i naukowych, w tym czasopisma z XIX i XX wieku, a także wspaniały Gabinet Rycin. Archiwum, którego początki również sięgają Towarzystwa Naukowego Krakowskiego, jest bezcennym źródłem dla badaczy historii. Ostatnio, w wyniku ugody z Towarzystwem Historyczno-Literackim w Paryżu, PAU odzyskała prawa własności do Biblioteki Polskiej. Trwa obecnie reorganizacja tej zasłużonej dla kraju instytucji.