Dyrektor: Julian Maślanka
Wicedyrektor: Jan Michalik
Sekretarz: Andrzej Borowski

Członkowie Wydziału I

Komisje PAU działające przy Wydziale I:

Komisja Filologii Klasycznej PAU
Komisja Historii Sztuki PAU
Komisja Neofilologiczna PAU
Komisja Kultury Słowian PAU

Dyrektor: Janusz K. Kozłowski
Wicedyrektor: Jan Małecki
Sekretarz: Krzysztof Baczkowski

Członkowie Wydziału II

Komisje PAU działające przy Wydziale II:

Komisja Środkowoeuropejska PAU
Komisja Wschodnioeuropejska PAU
Komisja Prehistorii Karpat PAU
Komisja Historii i Kultury Żydów PAU
Komisja Prawnicza PAU
Komisja Historii Wojen i Wojskowości PAU
Komisja Nauk Ekonomicznych PAU
Komisja Etnograficzna PAU

Dyrektor: Andrzej Fuliński
Wicedyrektor: Zenon Waszczyszyn
Sekretarz: Michał Turała

Członkowie Wydziału III

Komisje PAU działające przy Wydziale III:

Komisja Astrofizyki PAU
Komisja Nauk Technicznych PAU

Dyrektor: Krystyna Grodzińska
Wicedyrektor: Adam Kotarba
Sekretarz: Kazimierz Strzałka

Członkowie Wydziału IV

Komisje PAU działające przy Wydziale IV:

Komisja Nauk Rolniczych, Leśnych i Weterynaryjnych PAU
Komisja Paleogeografii Czwartorzędu PAU
Komisja Embriologii i Morfologii PAU
Komisja Geoinformatyki PAU
Komisja Geograficzna PAU

Dyrektor: Edmund Przegaliński
Wicedyrektor: vacat
Sekretarz: Wiesław Pawlik

Członkowie Wydziału V

Dyrektor: Paweł Taranczewski
Sekretarz: Ryszard Otręba

Członkowie Wydziału VI

• Komisja Antropologiczna PAU
  Komisja Zagrożeń Cywilizacyjnych PAU
• Komisja Historii Nauki PAU
• Komisja PAU do Oceny Podręczników Szkolnych
• Komisja Spraw Europejskich PAU
• Komisja Rozwoju Miasta Krakowa PAU i PAN
• Komisja Filozofii Nauk Przyrodniczych PAU
• Komisja PAU Fides et Ratio
  Komisja PAU do Badań Diaspory Polskiej
  Komisja PAU Etyki w Nauce
  Komisja Przyrodniczo-Medyczna z Siedzibą we Wrocławiu