Dyrektor: Julian Maślanka
Wicedyrektor: Jan Michalik
Sekretarz: Andrzej Borowski

Członkowie Wydziału I

Komisje PAU działające przy Wydziale I:

Komisja Filologii Klasycznej PAU
Komisja Historii Sztuki PAU
Komisja Neofilologiczna PAU
Komisja Kultury Słowian PAU

Dyrektor: Janusz K. Kozłowski
Wicedyrektor: Jan Małecki
Sekretarz: Krzysztof Baczkowski

Członkowie Wydziału II

Komisje PAU działające przy Wydziale II:

Komisja Środkowoeuropejska PAU
Komisja Wschodnioeuropejska PAU
Komisja Prehistorii Karpat PAU
Komisja Historii i Kultury Żydów PAU
Komisja Prawnicza PAU
Komisja Historii Wojen i Wojskowości PAU
Komisja Nauk Ekonomicznych PAU

Dyrektor: Andrzej Pelczar
Wicedyrektor: Andrzej Fuliński
Sekretarz: Michał Turała 

Członkowie Wydziału III

Komisja PAU działająca przy Wydziale III: 

Komisja Astrofizyki PAU

Dyrektor: Krystyna Grodzińska
Wicedyrektor: Adam Kotarba
Sekretarz: Kazimierz Strzałka, Andrzej Zuber

Członkowie Wydziału IV

Komisje PAU działające przy Wydziale IV:

Komisja Nauk Rolniczych, Leśnych i Weterynaryjnych PAU
Komisja Paleogeografii Czwartorzędu PAU
Komisja Embriologii i Morfologii PAU
Komisja Geoinformatyki PAU

Dyrektor: Edmund Przegaliński
Wicedyrektor: Zbigniew Herman
Sekretarz: Wiesław Pawlik

Członkowie Wydziału V

Komisja PAU działająca przy Wydziale V:

Komisja Etyki Medycznej PAU

Dyrektor: Paweł Taranczewski
Sekretarz: Ryszard Otręba

Członkowie Wydziału VI

• Komisja Zagrożeń Cywilizacyjnych PAU
• Komisja Historii Nauki PAU
• Komisja PAU do Oceny Podręczników Szkolnych
• Komisja Spraw Europejskich PAU
• Komisja Nauk Technicznych PAU
• Komisja Rozwoju Miasta Krakowa PAU i PAN
• Komisja Filozofii Nauk Przyrodniczych PAU
• Komisja PAU Fides et Ratio
• Komisja PAU do Badań Diaspory Polskiej