Polska Akademia Umiejętności przyznaje nagrody za wybitne osiągnięcia badawcze. Są to:

NAGRODA NAUKOWA IM. MIKOŁAJA KOPERNIKA

Nagroda im. Mikołaja Kopernika, fundowana przez Miasto Kraków na mocy uchwały Rady Miasta z 9 VII 1993, nawiązującej do aktu fundacyjnego Gminy Miejskiej z 18 II 1873. Zgodnie z tradycją, nagrodę przyznaje PAU co pięć lat w dziedzinach: astronomia, nauka o ziemi, ekonomia, filozofia przyrody, medycyna, wojskowa sztuka obronna i prawo. Po raz pierwszy, po odnowieniu PAU, przyznano nagrody w 1995 r.

NAGRODA IMIENIA MARIANA MIĘSOWICZA

Nagroda im. Mariana Mięsowicza, przyznawana co dwa lata za wybitne osiągnięcia w dziedzinie fizyki. Fundatorami nagrody są działające w Krakowie instytuty fizyki. Po raz pierwszy przyznano ją w 1997 r.

NAGRODA IMIENIA TADEUSZA BROWICZA

Nagroda im. Tadeusza Browicza, przyznawana corocznie, począwszy od 1998 r., za wybitne osiągnięcia w dziedzinie medycyny. Fundatorami nagrody były dotąd: zakład farmaceutyczny PLIVA S.A. Kraków i Szkoła Medyczna Anglojęzyczna Wydziału Lekarskiego UJ, a od roku 2005 są to: firma Novartis Poland Sp. z o.o. i Szkoła Medyczna dla Obcokrajowców CM UJ.

NAGRODA IM. GEN. MARIANA KUKIELA

Z inicjatywy prof. Leszka Suskiego i w oparciu o jego wkład finansowy tworzy się fundusz nagrody im. Mariana Kukiela. przyznawanej za wybitne osiągnięcia w zakresie historii wojskowości. Po raz pierwszy nagrodę przyznano w 2003 roku.

WYRÓŻNIENIA KOMISJI PAU DO OCENY PODRĘCZNIKÓW SZKOLNYCH

NAGRODA IM. ERAZMA I ANNY JERZMANOWSKICH
pod patronatem Województwa Małopolskiego

Nawiązuje ona do ,,polskiego Nobla", nagrody ufundowanej testamentem Erazma Jerzmanowskiego w 1908 r, a przyznawanej przez PAU najwybitniejszym przedstawicielom nauki, kultury i pracy humanitarnej w latach 1915-1938. Obecna Nagroda, wznowiona po 70 latach, fundowana jest przez Województwo Małopolskie.