Naczelną władzą PAU jest Walne Zgromadzenie, które stanowią członkowie czynni (w każdym Wydziale maksymalna liczba 27) oraz członkowie korespondenci (najwyżej 36 w wydziale). Członkowie zagraniczni (nie więcej niż 41 w wydziale) nie są zobligowani do uczestnictwa w Walnym Zgromadzeniu, mogą natomiast uczestniczyć we wszystkich posiedzeniach i przedsięwzięciach naukowych PAU. Walne Zgromadzenie wybiera na trzy lata Zarząd, złożony z prezesa, dwóch wiceprezesów (jednego ze środowiska warszawskiego), sekretarza generalnego i delegata Walnego Zgromadzenia. Wybór władz (oprócz delegata Walnego Zgromadzenia) i członków zagranicznych podlega zatwierdzeniu przez Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej.

Stosownie do wprowadzonych, uchwałą Walnego Zgromadzenia z 18 VI 2005, zmian statutowych, powołano nowy organ - Radę PAU, w skład której wchodzą, oprócz Zarządu (jak wyżej), dyrektorzy, wicedyrektorzy i sekretarze Wydziałów, przedstawiciele zamiejscowych delegatur PAU oraz pełnomocnicy Zarządu do współpracy z zagranicą.

PAU składa się - jak powiedziano - z 6 Wydziałów, każdym kieruje Zarząd, złożony z dyrektora, jego zastępcy, sekretarza i niekiedy również zastępcy tegoż. Przy Wydziałach tworzone są Komisje i Komitety, te ostatnie stałe lub czasowe, z reguły pod kierunkiem członków PAU (z paroma wyjątkami), w których skład mogą wchodzić osoby nie będące członkami PAU.

Wydziały odbywają comiesięczne posiedzenia naukowe, na których wygłaszane są referaty połączone z dyskusją.

Działalność PAU jest omawiana i dokumentowana w "Roczniku PAU". Wydziały mają swoje "Rozprawy" lub inne serie wydawnicze, w których publikuje się leżące w ich profilu naukowym opracowania lub inne ważne dla nauki teksty, w szczególności źródła historyczne. Komisje dysponują własnymi seriami "Prac" lub - zgodne z ich specjalnością - czasopismami.