Naczelną władzą PAU jest Walne Zgromadzenie, które stanowią członkowie czynni (w każdym Wydziale maksymalna liczba 27) oraz członkowie korespondenci (najwyżej 36 w wydziale). Członkowie zagraniczni (nie więcej niż 41 w wydziale) nie są zobligowani do uczestnictwa w Walnym Zgromadzeniu, mogą natomiast uczestniczyć we wszystkich posiedzeniach i przedsięwzięciach naukowych PAU. Walne Zgromadzenie wybiera na trzy lata Zarząd, złożony z prezesa, dwóch wiceprezesów (jednego ze środowiska warszawskiego), sekretarza generalnego i delegata Walnego Zgromadzenia. Wybór władz (oprócz delegata Walnego Zgromadzenia) i członków zagranicznych podlega zatwierdzeniu przez Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej.

   PAU składa się - jak powiedziano - z 6 Wydziałów, którymi kierują zarządy, złożone z dyrektora, jego zastępcy, sekretarza i niekiedy również jego zastępcy. Przy Wydziałach tworzone są komisje i komitety, stałe lub czasowe, pod kierunkiem członków PAU, w których skład mogą wchodzić osoby nie będące członkami PAU.

   Wydziały odbywają comiesięczne posiedzenia naukowe, na których wygłaszane są referaty połączone z dyskusją.

   Działalność PAU jest omawiana i dokumentowana w Roczniku PAU, a streszczenia referatów publikowane są w Sprawozdaniach z czynności i posiedzeń. Wydziały mają swoje Rozprawy lub inne serie wydawnicze, w których publikuje się leżące w ich profilu naukowym opracowania lub inne ważne dla nauki teksty, w szczególności źródła historyczne. Komisje mają z reguły własne serie Prac lub - zgodne z ich specjalnością - czasopisma.