W dniu dzisiejszym działalność naukowa PAU skupia się głównie w komisjach. Działa 25 komisji przedmiotowych, usytuowanych przy różnych Wydziałach oraz międzywydziałowe, które publikują swoje rozprawy. Rezultatem jest poważna działalność wydawnicza: kilkadziesiąt tomów rocznie.

PAU dysponuje też ważnymi elementami warsztatu naukowego dla humanistyki. Biblioteka, kompletowana niemal od dwustu lat, zawiera wiele znakomitych materiałów historycznych i naukowych, w tym czasopisma z XIX i XX wieku, a także wspaniały Gabinet Rycin. Archiwum, którego początki również sięgają Towarzystwa Naukowego Krakowskiego, jest bezcennym źródłem dla badaczy historii. Ostatnio, w wyniku ugody z Towarzystwem Historyczno-Literackim w Paryżu, PAU odzyskała prawa własności do Biblioteki Polskiej. Trwa obecnie reorganizacja tej zasłużonej dla kraju instytucji.

Oprócz badań ściśle naukowych, ważną rolą PAU jest stwarzanie forum dyskusji pomiędzy uczonymi różnych specjalności. W dzisiejszym świecie wąskich specjalizacji ma to ogromne znaczenie. W tym kierunku działa kilka komisji międzywydziałowych, o charakterze ogólnym.

• Komisja Historii Nauki publikuje wiele niezwykle interesujących prac, w tym serie dotyczące wybitnych ludzi nauki, oraz w oparciu o zbiory Archiwum organizuje wystawy i imprezy im poświęcone.
• Komisja Zagrożeń Cywilizacyjnych, skupiająca humanistów i przyrodników, omawia problemy współczesnego świata: od zagrożeń technicznych do ideologicznych.
• Komisja d/s Oceny Podręczników Szkolnych recenzuje ukazujące się na rynku podręczniki, zwracając w ten sposób uwagę opinii publicznej oraz władz na ten ważny problem, a także usiłując poprawić obecną, niemal katastrofalną sytuację.
• Komisja Spraw Europejskich dyskutuje zagadnienia związane z uczestnictwem Polski w Unii Europejskiej, a także strukturę i przyszłość samej Unii.
• Rozpoczęła też działalność duża Komisja Nauk Technicznych,
• niedawno powstała Komisja Nauk Ekonomicznych,
• Osobne miejsce zajmuje Komisja Rozwoju Miasta Krakowa, utworzona wspólnie z Oddziałem Krakowskim Polskiej Akademii Nauk. Komisja ma na celu przedstawianie wspólnego stanowiska środowiska naukowego Krakowa w sprawach istotnych dla rozwoju miasta.

Od przeszło czterech lat odbywa się comiesięczne Seminarium PAU, skupiające każdorazowo 100-200 uczestników, z wykładami wybitnych autorytetów, głównie w dziedzinie szeroko pojętej humanistyki. Wiodącym tematem pierwszego okresu był Patriotyzm wczoraj i dziś. Pierwsze dwa tomy wykładów ukazały się drukiem. Seminarium utrwala się powoli w krajobrazie intelektualnym Krakowa i staje się forum dyskusji nad wyzwaniami epoki.

Nawiązując do tradycji Wykładów Otwartych, Akademia rozpoczęła także we współpracy z Dziennikiem Polskim cykl imprez pod wspólną nazwą „Kawiarnia Naukowa”. Są to dyskusje popularno-naukowe, otwarte dla szerokiej publiczności. Inicjatywa ta zdobyła znaczącą pozycję wśród wielu innych imprez kulturalnych odbywających się w Krakowie.

PAU przyznaje kilka nagród naukowych.

• Coroczną nagrodę im. Tadeusza Browicza w dziedzinie medycyny, co dwa lata nagrodę im. Mariana Mięsowicza w dziedzinie fizyki i raz na kilka lat nagrodę im. Mariana Kukiela z historii wojskowości.
• Ponadto, zgodnie z uchwałą Rady Miasta Krakowa, Prezes PAU jest (z urzędu) przewodniczącym Komisji Nagród Miasta Krakowa, oraz wyznacza trzech (spośród dwunastu) członków Komisji.
• Wreszcie, raz na pięć lat PAU przyznaje 9 nagród im. Mikołaja Kopernika , fundowanych przez Miasto Kraków.

Dalsze plany sprowadzają się do systematycznego rozszerzania pracy badawczej, głównie w dziedzinie humanistyki i nauk społecznych. W dalszej perspektywie konieczna jest również rozbudowa biblioteki, co oczywiście wymaga zdobycia odpowiednich środków. Najważniejszym jednak zadaniem jest skupienie wokół Akademii środowiska naukowego i intelektualnego, które mogłoby stanowić miejsce dyskusji nad ważnymi problemami współczesności. A także proponować rozwiązania. W ten sposób nawiązując do tradycji Polska Akademia Umiejętności pragnie odzyskać swą historyczną pozycję jako Instytucja Narodowa.